בשמונה במארס 1982, חג פורים, הסתלק הרצי”ה מהעולם והוא בן למעלה מתשעים. יום פטירתו היה היום בו הגיעה לשיא חסר תקדים המתיחות בחבל ימית, ערב הריסתו ופינויו. הייתה תחושת סכנה ממלחמת אחים, עקב פער העמדות התהומי והעימות האלים בין חיילי צה״ל – שמאחוריהם הממשל, כמעט כל הכוחות הפוליטיים וחלק הארי מן הציבור בארץ – לבין "התנועה לעצירת הנסיגה בסיני", שרובם ועיקרם של מנהיגיה ופעיליה היו מאמינים מהגוש, תלמידי ובוגרי "מרכז" ושלוחותיה וחסידי הרצי"ה. רבים מביניהם עמדו על "הסמליות הטרגית" שבסמיכות המקרים: קץ השושלת הקוקית הקדושה, ואובדן חלקים קדושים מנחלת אבות.
גדעון ארן טוען כי בסערת ההתרחשויות בשטח בא הציבור ההלום והנלהב עד לסף איבוד כל רסן, כששמו של הרצי"ה נישא בפיהם. נאי המערכה נגד הנסיגה נסחפו בפעילות, לה ייחסו חשיבות לאומית ודתית מהמעלה הראשונה; על כן בחרו במשלחת מצומצמת בלבד שתייצגם בטקסי קבורת הרצי"ה. חסידי הרב ששבו מזירת המאבק בפתחה, עטורי תהילה, התייצבו בראש מסע ההלוויה.
מאז הבוקר חיכו החסידים ליד בית רבם. בצהרים יצאו ללוותו בדרכו האחרונה, משכונת גאולה, דרך קריית משה ועד להר הזיתים. המסע נעצר, נתפס לשיתוק ואלם, בתחנות החשובות – "מרכז הרב" הנוכחי, ובית הראי"ה הישן. בקצב מואץ, בגשם שוטף, במשך שעות ארוכות, הובילו הקוקיסטים כאחוזי אמוק את שיירת ההלוויה, מתחלפים ביניהם בנשיאת האלונקה. רבים נוספים ביקשו להתקרב לגופה, לזכות ולאחוז. אחדים מהמאמינים היו המומים, אחרים נסערים ולא חסרו מתייפחים. בנחש ארוך השתרכו מאחור אלפי בני נוער ואזרחים, חובשי כיפות סרוגות. בערוב היום, רטובים ומותשים, הגיעו בריצה לבית העלמין, שם כבר חיכו עוד כמה אלפי אבלים, בהם גם נציגי ציבור שונים, ח״כים, ראשי מוסדות, רבנים ראשיים ושרים. קבר הרצי"ה נכרה צמוד לקבר אביו.
אמצעי התקשורת מלאו דיווחים על מות הרצי"ה ועל אירועי חבל ימית גם יחד. בעוד נאמני הרב הלוחמים בפינוי ניסו להסית את חיילי צה״ל ולהצית מרידה אזרחית, פרסמה ממשלת ישראל הודעת אבל רשמית על "מורנו ורבנו הדגול, הרצי"ה זצ״ל, אוהב ישראל וארץ ישראל, בנו של מורה הדור, הראי"ה.".
ליום השבעה למות הרב זימנו תלמידיו הפגנת המונים כנגד נטישת הפתחה. עצרת האבל אמורה הייתה להיות פסגת הפעילות האנטי-ממסדית למניעת הנסיגה. כרבבת מאמינים פתחו בכינוס ברחבת הכותל, המשיכו בצעדה בחוצות העיר וסיימו באזכרה בבניין הישיבה. במקביל הושלמה עריכת חוברת הנצחה לרצי״ה. תחת הנושא "הקשר החי שבין עם לארצו" קובצו בה מאמרי הרב. עם ההדפסה הוברחה החוברת לפתחה המכותרת והופצה, קודם כל, בין בני התורה המתבצרים על גגות ימית ובחולות "עצמונה".
לפי גדעון ארן קוקיסטים מצביעים על קשר בין הסתלקות הרב ובין שקיעת התנועה, או השלמת שליחותה. מכל מקום, פיתחת ימית פונתה, מלחמת לבנון פרצה, תנופת ההתנחלות התמסדה, דעת הקהל נרגעה, הממשלה התייצבה ודומה כי הרצי"ה הלך ונשכח.
הקוקיזם עשה הרבה להנצחתו, והכריז עליו רשמית כ"קדוש". על האדמו״ר הקוקיסטי אמרו בישיבה ובתנועה: "גדולים צדיקים במיתתם יותר מבחייהם." החסידים ש"עשו" את הרב בזמנו, התאמצו מצדם לקיים את סמכותו חרף העדרו. קבוצה חשובה מקרב המאמינים ניסתה להמשיך וליהנות מהילת הרב, והשכילה לשאוב את מעמדה מתוקף זיקתה הקרובה אליו. אך באופן טבעי הסתמנה עם הזמן נטייה להתעמעמות זכרו של הרב והתפוגגות סמכותו. עם הסטת הרצי"ה ממוקד חייה של "מרכז", גלשה הישיבה לאט ובשקט לשגרת תלמוד תורה בנוסח העולם החרדי, עד שנעשתה לישיבה מהישיבות.
בעידן שאחרי הרצי"ה, ולא בלי קשר להסתלקותו, נעשתה "מרכז" פחות לאומית, והגוש פחות אמוני. גם בישיבה וגם בתנועה לא הייתה עוד הציונות לב הדתיות.